Theo đó, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc giao bộ Công an chủ trì, phối hợp các cơ quan liên quan chỉ đạo đơn vị chức năng khẩn trương truy bắt đối tượng Trần Khắc Hùng; xác minh, làm rõ những sai phạm liên quan của các đơn vị, cá nhân thuộc bộ Giáo dục và Đào tạo trong vụ án “Giả mạo trong công tác” xảy ra tại trường đại học Đông Đô. Nếu có dấu hiệu của tội phạm phải khởi tố điều tra để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật, không bỏ lọt tội phạm.
Thủ tướng yêu cầu bộ Công an chủ trì, phối hợp các cơ quan liên quan mở rộng điều tra vụ án, tiếp tục làm rõ số cá nhân được trường đại học Đông Đô cấp, sử dụng văn bằng cử nhân ngành Ngôn ngữ tiếng Anh giả, các văn bằng, chứng chỉ khác (nếu có) không qua tuyển sinh, đào tạo hoặc chưa đủ điều kiện cấp bằng để thu hồi và kiến nghị các cơ quan chức năng xem xét xử lý nghiêm vi phạm theo quy định pháp luật. bộ Công an báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ trong quý I/2021.
Bộ Giáo dục và Đào tạo chỉ đạo tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra các cơ sở giáo dục đào tạo trong việc cấp văn bằng, chứng chỉ; kiểm điểm, xử lý trách nhiệm cá nhân cho phép đại học Đông Đô thông báo tuyển sinh hệ văn bằng hai; kịp thời phát hiện, xử lý nghiêm vi phạm, không để xảy ra sai phạm tương tự.
Thủ tướng đề nghị VKS nhân dân tối cao, tòa án nhân dân tối cao chỉ đạo các đơn vị chức năng phối hợp chặt chẽ với bộ Công an sớm đưa các đối tượng phạm tội ra xét xử nghiêm minh theo quy định pháp luật.
Trước đó vào ngày 23/11, cơ quan an ninh điều tra bộ Công an đã hoàn tất bản kết luận điều tra; chuyển hồ sơ vụ án đến VKS nhân dân tối cao đề nghị truy tố các bị can là cán bộ trường đại học Đông Đô về tội "Giả mạo trong công tác".
Quá trình điều tra, cơ quan điều tra bộ Công an xác định đối tượng chủ mưu trong vụ án là Trần Khắc Hùng (48 tuổi, Chủ tịch Hội đồng quản trị trường đại học Đông Đô, Viện trưởng Viện đào tạo liên tục, Viện trưởng Viện Đào tạo và Phát triển công nghệ 4.0).
Trần Khắc Hùng và đồng phạm đã lợi dụng sơ hở, thiếu sót của bộ Giáo dục và Đào tạo trong công tác quản lý việc tuyển sinh, đào tạo, cấp bằng đối với hệ văn bằng 2; lợi dụng chính sách tự chủ giáo dục đại học để thực hiện hành vi vi phạm pháp luật.
